Der Ursprung des Nationalmuseums geht auf den 4. Juli 1824 zurück, als der Vizepräsident der Republik Francisco de Paula Santander dessen Gründung erklärte. Sein erster Sitz war das Haus der Botanischen Expedition. Das Museum umfasst etwa 20.000 Gegenstände wie archäologische Funde und Kunstwerke und wird seit dem 2. Mai 1948 im Gebäude der ehemaligen zentralen Haftanstalt von Cundinamarca betrieben.