Die Kirche ebenso wie das Kloster San Pedro Claver wurde Anfang des 17. Jahrhunderts von Religiösen der Jesuitengemeinschaft errichtet. Der Name ehrt San Pedro Claver, der sich dem Kampf für die Hilflosen, Unterdrückten und die Befreiung der Sklaven verschrieb. Die sterblichen Überreste des Missionars, der im Kloster neben der Kirche lebte und starb, werden in einer Urne beim Hauptaltar aufbewahrt.