Tanto a igreja como o mosteiro de San Pedro Claver foram construídos no começo do século 17 por religiosos da comunidade jesuíta. Seu nome é uma homenagem a San Pedro Claver, cuja obra foi a luta pelos desamparados, os oprimidos e a liberação dos escravos. Os restos do missionário, que viveu e morreu no convento adjacente a igreja, são conservados em uma una urna do altar-mor.