Bei einem Besuch des paläontologischen Museums der naturwissenschaftlichen Fakultät der Nationaluniversität erhält man einen Beweis dessen, dass die Region um Villa de Leyva herum Meer war. Dort werden Fossilien prähistorischer Tiere ausgestellt, wie der Plesiosaurus, der Ichthyosaurus und der Brontosaurus, die in dieser Gegend vor 130 bis 65 Millionen Jahren lebten. Hier gibt es auch u.a. Reste von Ammoniten und Schalentieren zu sehen.