Tant l’église que le monastère de San Pedro Claver ont été construits au début du XVIIe siècle par des religieux de la communauté jésuite. Leur nom est un hommage à San Pedro Claver qui a lutté  pour les deshérités, les opprimés et la libération des esclaves. Les restes du missionnaire, qui a vécu et est mort dans le couvent contigu à l’église, sont conservés dans une urne du maître-autel.