Tanto la iglesia como el monasterio de San Pedro Claver fueron construidos a principios del siglo XVII por religiosos de la comunidad jesuita. Su nombre es un homenaje a San Pedro Claver, cuya obra fue la lucha por los desvalidos, los oprimidos y la liberación de los esclavos. Los restos del misionero, que vivió y murió en el convento contiguo a la iglesia, se conservan en una urna del altar mayor.